On a découvert que des cerfs de Virginie – le grand mammifère le plus abondant en Amérique du Nord – étaient porteurs d’anciens variants de Covid qui ne sont plus en circulation chez l’homme. On estime qu’il y a environ 30 millions de cerfs de Virginie aux États-Unis. Selon les experts, les animaux ont été infectés par le coronavirus au cours de la pandémie grâce à un contact permanent avec l’homme, probablement via l’alimentation d’animaux sauvages, la chasse, le contact avec des sources d’eau ou d’eaux usées ou la réhabilitation d’animaux sauvages.
L’auteur de l’article et virologue, le professeur Diego Diel de l’université Cornell, a déclaré : « L’un des résultats les plus frappants de cette étude est la détection de la co-circulation de trois variantes préoccupantes – alpha, gamma et delta – dans cette population d’animaux sauvages.
« Un virus qui est apparu chez l’homme en Asie, très probablement à la suite d’un débordement d’un réservoir animal vers l’homme. […] a potentiellement trouvé un nouveau réservoir animal en Amérique du Nord. »
Dans leur étude, le professeur Diel et son équipe ont analysé quelque 5 700 échantillons prélevés sur des cerfs de Virginie à New York au cours de la période 2020-22.
Ils ont comparé les séquences génomiques des variants de Covid trouvés chez les cerfs avec les séquences des mêmes variants dans la population humaine de New York.
L’analyse a révélé que les virus avaient muté chez les cerfs – un fait qui suggère que les variants circulaient dans les animaux depuis plusieurs mois.
Par exemple, au moment où les variants alpha et gamma ont été découverts chez les cerfs, il n’y avait aucune preuve qu’ils circulaient encore chez les humains dans la région.
En fait, à l’époque, aucune des deux variantes n’avait été détectée à New York depuis 4 à 6 mois.
Le Prof. Diel a déclaré : « Lorsque nous avons effectué des comparaisons de séquences entre ces virus récupérés sur des cerfs de Virginie et les séquences humaines, nous avons observé un nombre important de mutations sur l’ensemble du génome du virus. »
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Certains des virus séquencés dans l’étude, a ajouté le professeur Diel, présentaient jusqu’à 80 mutations par rapport aux séquences humaines.
Ces mutations ont probablement aidé le virus à s’adapter au cerf, facilitant potentiellement sa transmission entre les animaux.
Ces résultats s’appuient sur des travaux antérieurs du professeur Diel et de ses collègues publiés l’année dernière, qui ont révélé que, dans cinq États américains, le virus Covid était présent chez 40 % de tous les cerfs de Virginie.
Selon l’équipe, les travaux actuels constituent l’une des études les plus complètes à ce jour sur la prévalence, la diversité génétique et l’évolution du SRAS-CoV-2 chez le cerf de Virginie.
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Selon les chercheurs, des travaux supplémentaires sont nécessaires pour confirmer si ces variantes disparaîtront également du cerf au fil du temps – ou s’il existe un risque que le Covid se propage à d’autres animaux sauvages, y compris les prédateurs de l’animal.
Le professeur Diel a expliqué : « En raison des preuves obtenues dans notre étude, il est très important de continuer à surveiller le virus dans ces populations animales. »
Ce n’est qu’ainsi, a-t-il ajouté, que nous pourrons « vraiment comprendre et suivre les changements qui pourraient conduire à la propagation du virus à l’homme et à d’autres animaux sauvages. »
Les résultats complets de l’étude ont été publiés dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences.